Naftos perdirbimo produktų gamykloje įdiegta pažangi monitoringo sistema. Aplinkos apsaugos specialistai, naudodamiesi moderniais prietaisais, kontroliuoja išmetamų teršalų kiekį tiek įmonės teritorijoje, tiek už jos ribų.

1999–2000 metais buvo atliktas aeracijos grunto ir gruntinio vandens Mažeikių naftos perdirbimo produktų gamyklos teritorijoje ekohidrogeologinis įvertinimas. Nuo 2000 m. pabaigos naftuoti gruntai valomi naujai pastatytoje naftos produktais užteršto grunto regeneravimo aikštelėje.

Nuo 2000 metų vykdoma rezervuarų parko rekonstrukcija.

Nuo 2000 metų sausio 1 dienos Naftos perdirbimo produktų gamykla nuotekas išleidžia į Ventos upės baseiną ir nebepumpuoja į Baltijos jūrą. Įdiegtų techninių ir organizacinių priemonių dėka žymiai sumažėjo vandens ir oro tarša. Išvalytų nuotekų kokybė kelis kartus geresnė nei nustatyti aplinkosauginiai reikalavimai.

2003 metų gruodžio mėnesį baigti paskutinio iš keturių sieros gamybos įrenginių rekonstrukcijos darbai. 2002 metų pradžioje pradėtų rekonstrukcijos darbų metu, visuose keturiuose „Klauso“ įrenginiuose pakeisti katilai ir degikliai leido sumažinti į atmosferą išmetamų teršalų kiekį maždaug dvigubai.

2004 metų pradžioje baigta šviesiųjų naftos produktų rezervuarų rekonstrukcija pagal Europos Sąjungos reikalavimus. Pagal naujuosius reikalavimus visiems šviesiųjų produktų rezervuarams sumontuoti pontonai (plaukiojantys stogai), dvigubi pontono (plaukiojančio stogo) sandarinimai, bei nudažyti šviesiais, pakankamą atspindžio koeficientą turinčiais dažais. Visos šios priemonės leidžia iki minimumo sumažinti į atmosferą dėl garavimo patenkančių angliavandenilių kiekį.

Nuo 2004 metų sausio mėnesio pradėjo veikti uždaro pylimo estakada. Nuo tada šviesūs naftos produktai į geležinkelio cisternas pilami tik šioje estakadoje. Ji pastatyta siekiant iki minimumo sumažinti angliavandenilių garavimą pylimo metu ir atmosferos taršą.

2004 metų kovo mėnesį visu pajėgumu pradėjo veikti visiškai automatizuotas naftos šlamo perdirbimo įrenginys. Jo paskirtis — perdirbti naftos šlamą, susidarantį nutekamojo vandens valymo metu. Pradėjus eksploatuoti šį įrenginį, naftos šlamas nebekaupiamas tvenkiniuose, o perdirbamas į naftą, vandenį ir gruntą. Įrenginyje atskirta nafta grąžinama perdirbimui, vanduo nukreipiamas į nuotekų valymo įrenginius, o gruntas išvežamas į naftos produktais užteršto grunto regeneracijos aikštelę. Joje apdorojamas biologiniais preparatais ir palaipsniui pavirsta į tinkantį dirvožemiui gruntą.

2005 metais perdirbus naftos šlamą ir atlaisvinus tvenkinį, atliktas jo krantų sutvarkymo projektas — išvalytas likęs naftos šlamas ir biopreparatais apdoroti krantai.

2005 metais, siekiant įgyvendinti naujus ekologinius reikalavimus benzinui, buvo pradėtas katalizinio krekingo benzino hidrovalymo įrenginio statybos projektas.
Vienas iš 2005 metais įgyvendintų modernizacijos projektų — butan-buteninės frakcijos alkilinimas — taip pat susijęs su naujais reikalavimais benzinui ir skirtas vykdyti dar griežtesnius reikalavimus aromatiniams angliavandeniliams. Įgyvendinusi projektą naftos perdirbimo produktų gamykla dalį benzino komponentų pakeitė kitais — visiškai kitokios struktūros daugiaoktaniais komponentais. Butano frakcijos nėra labai pageidaujamos nei kaip automobilinių, nei kaip buitinių dujų komponentas. Šiame procese bus panaudota nesočiųjų angliavandenilių dalis — butenai. Vienas iš projektų numato gamybos pervedimą iš MTBE (metiltretbutilo eterio) į ETBE (etiltretbutilo eterio) režimą. Tai panašūs pagal savo eksploatacines savybes komponentai, tačiau ETBE panaudojimas vietoj MTBE leis išspręsti transportavimo ir sandėliavimo problemas šiltuoju metų laiku, kadangi ETBE virimo temperatūra yra mažesnė, jis mažiau lakus.
Didžiausią teigiamą įtaką ekologiniu požiūriu padarys gudrono deasfaltizacijos įrenginys. Gudronas — likutinis produktas, kuriame susikaupia didžiausia sunkiųjų angliavandenilių dalis, taip pat ir stambiamolekuliniai komponentai, kuriuos sunkiai įmanoma panaudoti kaip kurą.

2006 metų birželio 16 dieną pradėta eksploatuoti naujoji naftos šlamo aikštelė (naftos produktais užteršto grunto regeneravimo aikštelė). Joje sandėliuojamas gruntas, gautas perdirbus naftos šlamą ir apdorotas specialiais biologiniais preparatais.
Padidėjus išvalyto grunto kiekiui, išplėsta naftos produktais užteršto grunto regeneravimo aikštelė papildomai įrengus 1,4 ha plotą, tuo būdu aikštelės pajėgumas padidėjo iki 12000 tonų per metus.
Pagal grunto regeneravimo aikštelės projektą įrengta 13 500 m² betoninė aikštelė su ją juosiančiu pylimu, vandens surinkimu į vieną aikštelės pusę ir pajungimu į kanalizacijos tinklą.
Grunto, esančio po betoninėmis dangomis, apsaugai panaudota plėvelės ir geotekstilės sluoksniai. Įrengti du stebimieji gręžiniai požeminio vandens stebėjimui.

Modernizuotas naftos produktų pylimo į autotransportą terminalas, kuriame įdiegtas uždaras naftos produktų pylimas su garų rekuperacija. 2006 metų gruodžio 20 dieną valstybinė komisija pripažino, kad naujasis naftos produktų krovos terminalas yra tinkamas eksploatuoti ir atitinka visus nustatytus reikalavimus. Šiame terminale veikianti pylimo estakada turi privalumų, iš kurių vienas svarbiausių — tikslus aplinkosauginių reikalavimų laikymasis. Dabar pilant produktus visi benzino ir dyzelino iš cisternos išstumiami garai sugaudomi atskira tam skirta žarna ir patenka į garų rekuperacijos įrenginį, kuriame atskiriami angliavandeniliai proceso pabaigoje grąžinami atgal į produktų rezervuarus.